Thành công của nhà Trần là do chính sách đoàn kết nội bộ của những người lãnh đạo. Dù trong hoàng tộc Nhà Trần có những người phản bội, theo nhà Nguyên nhưng nước Đại Việt không bị mất, nhờ sự ủng hộ của đông đảo dân chúng.

Còn một nguyên nhân nữa phải kể tới trong thành công của Nhà Trần là đội ngũ tướng lĩnh xuất sắc, nòng cốt lại chính là các tướng trong hoàng tộc Nhà Trần. Dù xuất thân quyền quý nhưng các hoàng tử, thân tộc Nhà Trần, ngoài lòng yêu nước và bảo vệ quyền lợi dòng tộc, số lớn là những người có thực tài cả văn lẫn võ. Thật hiếm dòng họ cai trị nào có nhiều nhân tài nổi bật và nhiều chiến công như Nhà Trần, đặc biệt là thế hệ thứ hai: Trần Quốc Tuấn, Trần Thánh Tông, Trần Quang Khải, Trần Nhật Duật đều là những tên tuổi lớn trong lịch sử Việt Nam đó là chưa kể tới Trần Thủ Độ, Trần Khánh Dư, Trần Quốc Toản,...[7].

Theo một số các nhà nghiên cứu, chiến thắng của nhà Trần có được nhờ vào sự sáng suốt của các tướng lĩnh trong chiến thuật, đứng đầu là Trần Hưng Đạo. Trong khi tác chiến, các tướng lĩnh Nhà Trần chủ động tránh lực lượng hùng hậu người Mông Cổ mà đánh vào các đạo quân người Hán bị ép buộc và uy hiếp phải theo quân Mông sang Đại Việt. Tâm lý của những người mất nước và phải chịu sự quản thúc của người Mông khiến các đạo quân này nhanh chóng tan rã, sức kháng cự thấp. Một cánh quân tan rã có tác động tâm lý lớn tới các đạo quân còn lại trên toàn mặt trận[8]

Sử liệu của nhà Nguyên thường quy kết cho khí hậu nóng ẩm và địa hình nhiều rừng núi khiến quân Nguyên phải thất bại. Trần Xuân Sinh cho rằng: Đúng là có sự ảnh hưởng ít nhiều của khí hậu và địa hình đối với quân Nguyên, nhưng phải thấy rằng những khó khăn này không phải là điều chủ yếu làm cho quân Nguyên thất bại. Bởi thực tế cho thấy quân Mông Cổ vẫn chiến thắng Nam Tống và Miến Điện trong những điều kiện tương tự.

Mông-Nguyên đương thời là đế quốc lớn nhất thế giới. Những nơi người Mông Cổ bại trận lúc đó đều phần nhiều là bởi lý do khách quan, như Ai Cập thì quá xa xôi và binh lực Mông Cổ ở đó khá ít, Nhật Bản và Nam Dương đều có biển cả ngăn cách trong khi quân Mông không kinh nghiệm đánh đường thủy, lại xui xẻo gặp bão to (Thần phong ở Nhật Bản) nên mới bị thua trận. Phải nói rằng đế chế Nguyên Mông thời này hầu như đã bành trướng đến điểm giới hạn mà họ có thể đạt được. Người Mông Cổ xuất thân từ thảo nguyên, không có kiến thức hàng hải tốt nên không thể tổ chức tốt những cuộc xâm lược các đảo quốc và những nước ven biển như Chiêm Thành, Nam Dương, Trảo Oa, Nhật Bản… Thế nhưng nước Đại Việt lúc đó nằm liền kề trên đại lục Đông Á, chung đường biên giới cả ngàn dặm với người Mông mà người Mông vẫn không đánh chiếm được. Một đế quốc đã nằm trùm cả đại lục Á – Âu mà không lấy nổi một dải đất bé nhỏ ở phía nam. Tổng cộng 3 đợt xuất quân, Mông-Nguyên huy động khoảng 600.000 tới 1 triệu lượt quân, trong khi dân số Đại Việt khi ấy chỉ khoảng 3 - 4 triệu. Có so sánh tương quan lực lượng với kẻ địch và vị trí địa lý với những quốc gia làm được điều tương tự mới thấy được sự vĩ đại của chiến công 3 lần đánh đuổi Mông Nguyên của Nhà Trần.

Theo giáo sư Đào Duy Anh thì có 4 nhược điểm khiến quân Mông Nguyên thất bại ở Đại Việt[9]:

1. Người Mông Cổ đi đánh xa, lương thực không được vận chuyển đầy đủ mà chỉ mong cướp bóc của dân bản địa để nuôi quân, nếu đối phương áp dụng chiến lược "vườn không nhà trống thì quân Mông Cổ dễ bị khốn đốn vì thiếu lương do không cướp được của dân bản địa (Trong lần đánh Đại Việt thứ 3, quân Nguyên rút kinh nghiệm điều này và đã cho đoàn thuyền chở nhiều lương thực sang hỗ trợ, nhưng đoàn thuyền này lại bị Đại Việt phục kích tiêu diệt nên quân Nguyên lại tiếp tục thất bại).
2. Quân Mông Nguyên là người phương bắc, không hợp thuỷ thổ.
3. Quân lính Nguyên phần lớn là người Trung Hoa bị chinh phục, tinh thần chiến đấu không có, gặp khó khăn là chán nản. Quân kỵ binh gốc Mông Cổ thiện chiến thì lại không phát huy được sở trường do chiến lược của Đại Việt là chọn đánh quân Nguyên ở những vùng bến sông hoặc rừng rậm, tránh giao chiến ở vùng bằng phẳng.
4. Quân đội đông và giỏi nhưng chuẩn bị không tốt về mặt tinh thần cho quân sỹ mà chỉ lo đem quân đội đi đánh vì nghĩ quân đội càng đông càng áp đảo lực lượng Đại Việt. Nhưng rốt cục quân càng đông thì lại càng khó điều phối, càng nhanh hao tổn lương thực.

Chiến công của Nhà Trần nhìn chung được nhiều thế hệ nhân dân ca ngợi qua các thần tích, vè và những lời truyền tụng trong dân gian. Sang thế kỷ 20, Trần Trọng Kim và Phan Kế Bính cũng ca tụng nhiều về chiến thắng đó[10].

Sách Việt sử tiêu án của Ngô Thì Sĩ ca ngợi chiến công đánh quân Nguyên, nhưng chê trách việc dâng công chúa An Tư cho Thoát Hoan là hạ sách[7].

Trương Phổ – một học giả đời Minh, khi bình luận sách Nguyên sử kỷ sự bản mạt của Trần Bang Chiêm đã viết:

Trấn Nam vương Thoát Hoan tiến binh, vua An Nam là Trần Nhật Huyên (chỉ Thượng hoàng Trần Thánh Tông) đem quân chống lại, quân Thoát Hoan tuy có ngựa mạnh, rong ruổi nhanh như chớp, đánh thành phá ấp, nhưng giữa đường quay giáo lui, quân lính tan nát trong chốn của quân kia, Toa Đô, Lý Hằng đồng thời tử chiến... Thoát Hoan xuất quân lần nữa, Nhật Huyên chạy đi để rồi đón lúc về, đánh lúc mệt, quân Nguyên lại thất bại. Đó là vì quân kia tránh cái thế hăng hái lúc ban mai, đánh cái khí tàn lụi lúc buổi chiều, giấu mình nơi biển khơi, phục quân chốn ải hiểm, quân Nguyên tuy hùng hổ kéo đến, chưa từng thắng được một trận. Có thể nói là Nhật Huyên có tài dùng binh vậy.

Những lãnh đạo kháng chiến thời Trần đã thành công trong việc thực hiện rút lui chiến lược thì cũng đã thành công trong việc phản công chiến lược. Nếu cuộc rút lui chiến lược của quân Trần có ý nghĩa là "tránh cái thế hăng hái lúc ban mai" thì phản công chiến lược chính là "đánh cái khí tàn lụi lúc buổi chiều" của địch như Trương Phổ nói.

Thượng tướng Văn Tiến Dũng viết: "Các cuộc kháng chiến đời nhà Trần chống quân Nguyên do đã phát động được toàn dân đánh giặc, do đã kết hợp được các hành động chiến đấu của các lực lượng vũ trang chủ lực, địa phương và dân binh, kết hợp đánh du kích với đánh tập trung, nên cả ba lần đều thắng lợi"

Riêng Khâm định Việt sử Thông giám Cương mục của Nhà Nguyễn, vua Tự Đức không khen ngợi mà cho rằng Nhà Trần "gặp may" vì các tướng Nguyên sang Đại Việt đều không giỏi. Tuy nhiên sử sách nhà Nguyên đã ghi rõ ràng những tướng Nguyên như Ngột Lương Hợp Thai, Toa Đô, Ô Mã Nhi hay Lý Hằng đều là những tướng lính dày dạn trận mạc, từng tham gia diệt Nam Tống và Đại Lý đặc biệt là Ngột Lương Hợp Thai, được xếp vào hàng công thần thứ ba của Nhà Nguyên, từng tham gia đánh nước Kim của người Nữ Chân; tấn công Đức và Ba Lan dưới cờ của Bạt Đô, thôn tính đế quốc Ả Rập cùng Húc Liệt Ngột, và diệt nước Đại Lý chỉ trong vài tuần. Trần Xuân Sinh trong Thuyết Trần phản bác quan điểm của Tự Đức và cho rằng những lời bình luận đó là "ngớ ngẩn"[11]:

Nguyên chúa Hốt Tất Liệt anh hùng, rất giỏi quân sự, đâu có sai đi Nam chinh những đồ vô dụng. Quân Mông Cổ hùng mạnh, đã thắng quân ta ở Lạng Sơn, Nội Bàng và Vạn Kiếp, chiếm đóng kinh thành Thăng Long, lại thắng lớn ở ngoài khơi Quảng Yên... thế rất lớn, nhiều nơi lâm nguy... Vua quan Triều Nguyễn đã làm lệch lạc lịch sử. Các tướng nhà Nguyên không phải không giỏi,... thua chỉ vì gặp các tướng Nhà Trần giỏi hơn mà thôi.